С 1998 г. работал на должности заместителя Главнокомандующего ВВ МВД РФ по чрезвычайным ситуациям, а с мая 1999 г. – на должности первого заместителя Главнокомандующего Внутренними войсками МВД РФ.

С вторжением боевиков в Дагестан в августе 1999 г. Михаил Анатольевич был назначен на должность командующего группировки Внутренних войск на Северном Кавказе (до марта 2000 г.). Руководил операциями войск, в том числе в Новолакском районе Дагестана, где войска освободили 14 сел, уничтожили 337 боевиков, захватили в плен 48 боевиков. Были захвачены 14 минометов, 8 зенитных установок, 4 склада боеприпасов, 2 склада были уничтожены. С октября 1999 г. воевал на территории Чечни, и к концу года Внутренние войска заняли в Чечне 80 сел и провели 136 спецопераций. В бою за село Знаменское 14 октября 1999 г. командный пункт был атакован боевиками и окружен. М.А. Паньков руководил боем по отражению атаки. В декабре 1999 – январе 2000 гг. принимал участие в штурме Грозного.

Указом исполняющего обязанности Президента Российской Федерации № 25 от 11 января 2000 г. за проявленное мужество в боях и умелое руководство войсками в борьбе с террористическими формированиями на Северном Кавказе генерал-лейтенанту Михаилу Анатольевичу Панькову присвоено звание Героя Российской Федерации с вручением медали «Золотая Звезда». В феврале 2000 г. М.А. Панькову присвоено воинское звание генерал-полковника.

С октября 2000 г. М.А. Паньков работал на должности начальника Главного штаба – первого заместителя Главнокомандующего ВВ МВД РФ, с апреля 2002 г. – на должности заместителя министра внутренних дел РФ по Южному федеральному округу, с 2005 г. – по февраль 2009 г.на должности начальника Главного управления МВД РФ по Южному федеральному округу.