В наступательных боях 15-22 октября 1944 г. по освобождению Прибалтики младший сержант Батагаев уничтожил вражеский дот и открыл дорогу наступающей пехоте. В боях за г. Вильнюс вынес из под огня раненого командира взвода, лично захватил «языка», давшего ценные сведения. Приказом по войскам 5-й армии от 19 декабря 1944 г. старший сержант Батагаев Семён Иванович награжден орденом Славы II степени (№9350).

В боях за г. Инстербург, ныне Черняховск, и Алленбург, ныне Дружба Калининградской области, 13-20 января 1945 г. с расчетом уничтожил 3 пулемета, очки, пушку и свыше 15 гитлеровцев. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 19 апреля 1945 г. за образцовое выполнение заданий командования в боях с немецко-вражескими захватчиками старший сержант Батагаев Семён Иванович награжден орденом Славы I степени (№1733). В середине 1945 г. 5-я армия была передислоцирована на восток и в составе 1-го Дальневосточного фронта участвовала в боях с японцами. При наступлении на г. Харбин Батагаев был вновь тяжело ранен. Полгода пролежал в госпитале в г. Ворошилов-Уссурийск. В феврале 1946 г. был демобилизован по ранению с инвалидностью. Работал в селе Онгурен, с 1965 г. на пенсии. Затем жил в г. Иркутск. Скончался в 23 марта 1992 г.

Его именем названы улицы в родном селе и районном центре, 22 июня 2006 г. в Иркутске, на доме № 61 по бульвару Рябикова, в котором он прожил более двадцати лет, установлена мемориальная доска. 2015 г. установили барельеф в с. Онгурен. А на следующий день в центральном посёлке района Еланцы состоялся митинг в честь открытия у мемориальной стены бронзового бюста орденоносца С.И. Батагаева. С 2016 г. начал курсировать на переправе «МРС - Ольхон» грузопассажирский самоходный паром «Семен Батагаев».